Mostrar código-fonte de ImageJ

{{Sistemas de Informação em Saúde
|Sigla do Sistema de Informação=ImageJ
|Designação=ImageJ
|Data de Lançamento=1987
|Entidade Criadora = Wayne Rasband (programador da NIH)
|Entidade Gestora =National Institutes of Health
|Requisitos Técnicos do Sistema de Informação=Java versão 6.0
|Versão Atual=1.51n - 1 de Maio 2017
|Tipo de Licenciamento do Sistema de Informação= open source software (OSS) projects
|Sistema Operativo do Sistema de Informação=Windows, MacOS X, Linux (desenvolvido em Java)
|Especialidade Médica do Sistema de Informação=Várias
|Utilizadores Principais do Sistema de Informação=Comunidade científica
|Função=Edição, processamento e análise de Imagem
}}


== Acerca do '''ImageJ'''== 


[[Ficheiro:ImageJ.jpg|200px|thumbs|center|Figura 1: Logotipo do ''ImageJ'']]

<p align="justify">É um programa de edição, processamento e análise de imagem desenvolvido pela National Institutes of Health (NIH) baseado em [[Java]], de download gratuito,  do domínio público, de código aberto e não necessita de licença de utilização <ref> [https://www.nih.gov/ National Institutes of Health]</ref>, <ref> [https://imagej.nih.gov/ij/download.html ImageJ download]</ref>. Este programa funciona em diferentes sistemas operativos, como o Windows, MacOs X e Linux. 
O ''ImageJ'' é simples de usar, executa um conjunto alargado de manipulações na imagem e pode recorrer a centenas de macros e plugins, desenvolvidos por uma vasta e conhecedora comunidade de utilizadores, desde a nanotecnologia à astronomia, com foco central nas ciências da saúde <ref name=abramoff> Abràmoff, Michael D., Magalhães, Paulo J., Ram, Sunanda J. [https://imagescience.org/meijering/publications/download/bio2004.pdf Image Processing with ImageJ] Biophotonics International, vol. 11, no. 7, July 2004, pp. 36-42</ref>. 
A capacidade de ser flexível e expansível torna o ''ImageJ'' num programa potente e atrativo.</p> 


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== Funcionalidades ==


<p align="justify">O ''ImageJ'' disponibiliza uma grande variedade de ferramentas de edição, processamento e análise de imagem aplicáveis a imagens de 8-bit, 16-bit e 32-bit. Para além disso,lê e guarda a maioria dos formatos de imagem mais comuns e importantes usados no campo da imagem médica, tais como TIFF, GIF, JPEG, BMP, PNG, ASCII, [[DICOM]] e raw data. Esta lista não acaba por aqui, pois existem plugins desenvolvidos pela comunidade de utilizadores  que abrem e guardam outros formatos <ref name=abramoff/>.</p>

<p align="justify">Na edição de imagem, o ''ImageJ'', permite converter imagens de um formato para outro, fazer configurações avançadas de brilho e contraste da imagem, alterar as suas dimensões, inspecionar as suas propriedades, gerir as características específicas de imagens a cores e imagens indexadas, gerir imagens utilizando stacks e hiperstacks, realizar sobre as imagens todo o tipo de transformações geométricas, criar e gerir revestimentos nas imagens, entre outros.</p>

<p align="justify">Para o processamento de  imagem, o ''ImageJ'' fornece diversos filtros, tais como o “passo abaixo”, deteção de bordos, tridimensionais, entre outros. É capaz de fazer convulsões, transformadas de Fourier, operações matemáticas e lógicas. Também disponibiliza soluções para remover ou reduzir vários tipos de ruído. </p>

<p align="justify">Este programa tem um leque variado de ferramentas de análise de imagem, podendo realizar medições  em zonas específicas ou na totalidade da imagem. Exemplos destas ferramentas são os: histogramas, as medições de área, dados estatísticos, densidades, etc.</p>

<p align="justify">O ''ImageJ'' conta com repositórios oficiais onde são disponibilizadas macros, plugins, scripts e imagens, de diferentes áreas, de forma gratuita. </p>


[[Ficheiro:Imagej interface1.51n.png|500px|thumb|center|Figura 2: Interface inicial do ''ImageJ'']]

== História ==


<p align="justify">Em 1987, o programador Wayne Rasband da Research Services Branch (RSB), da NIH, lançou um programa de análise de imagem livre, chamado [https://imagej.nih.gov/nih-image/about.html NIH Image], com o objectivo de permitir aos utilizadores desenvolver novos aplicativos, para as diversas áreas de análise de imagem. Este programa foi desenvolvido para o sistema operativo da Mac. Com o aumento do número de utilizadores houve a necessidade de desenvolver o programa para o sistema operativo da Microsoft, sendo este realizado pela empresa Scion Corporation. No entanto, esta adaptação não foi satisfatória, pois continha muitos “''bugs''”  e era paga, não dando a possibilidade da comunidade de utilizadores de a corrigir.</p>

<p align="justify">O aumento de utilizadores da Microsoft na comunidade científica e o aparecimento da linguagem de programação [[Java]], fizeram com que o Wayne Rasband desenvolve-se um programa idêntico ao [[NIH Image]], mas que pudesse ser utilizado nos diferentes sistemas operativos. A este novo programa o autor chamou de ''ImageJ'', para manter a ligação ao [[NIH Image]], com o “J” a indicar o desenvolvimento em [[Java]]. <ref name=25anos> Schneider, C., Rasband, W., Eliceiri, K., [http://www.nature.com/nmeth/journal/v9/n7/full/nmeth.2089.html NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis] Nature Methods, vol. 9 (7), July 2012, pp: 671-675 </ref>
O primeiro lançamento foi em 23 de setembro de 1997, com a versão 0.50 e, neste momento, está na versão 1.51k, lançado no dia 1 de Março de 2017. <ref>[https://imagej.nih.gov/ij/notes.html Versões do ImageJ]</ref></p>

== Variações do '''ImageJ''' ==


<p align="justify">Existem variações baseadas no ''ImageJ'', desenvolvidas por utilizadores de diferentes áreas. Estas variações são exemplos da flexibilidade e expansibilidade.</p>
{|class="wikitable"
|+ style="text-align: left;" |Tabela 1 - Lista de variações do NIH Image e ImageJ <ref name=25anos/>
|-
! Nome
! Data de início
! Descrição
|-
|[[NIH Image]]
|1987
|O antecessor do ''ImageJ'', criado pelo Rasband, desenvolvido para a Macintosh, não tem desenvolvimento ativo.
|-
|ImageSXM
|Maio 1993
|Uma versão do NIH Image para OSX desenvolvida por Steve Barrett; destinado a lidar com o carregamento, exibição e análise de imagens a partir do microscópio electrónico de varredura.
|-
|ImageJ
|1997
|A versão atual do ImageJ desenvolvida pelo Rasband; também designado por ImageJ1.
|-
|ImageJ2x
|Desconhecido
|Uma ramificação de ImageJ; modificado para usar interface Swing; não tem desenvolvimento ativo.
|-
|ImageJA
|Julho 2005
|Um ramo do ImageJ desenvolvido por Johannes Schindelin; usado como o núcleo de [[Fiji]].
|-
|[[Fiji]]
|Dezembro 2007
|A distribuição "incluídas em baterias" do ImageJ, agregando muitos plugins que facilitam a análise de imagens científicas, sendo popular nas ciências da vida.
|-
|ImageJX
|Março 2009
|Criado por Grant Harris para discutir melhorias no ImageJ; formou a base de uma aplicação para o NIH que lançou ImageJDev.
|-
|ImageJ2 (ImageJDev)
|Dezembro 2009
|Desenvolvido pelo projeto ImageJDev; uma reescrita completa do ImageJ; inclui ImageJ1 para permitir antigos plug-ins e macros.
|-
|[[MBF_ImageJ]]
|2005
|Projeto desenvolvido por Tony Collins para microscopistas; os plugins do MBF ImageJ podem ser instalados no [[Fiji]], combinando os programas.
|-
|[[SalsaJ]]
|Desconhecido
|Um ramo da ImageJ destinado a aplicações de astronomia; projetado para uso em salas de aula; disponível em mais de 30 idiomas.
|-
|[[CellProfiler]]
|2006
|Software livre e de código aberto iniciado por Anne Carpenter e Thouis Jones; auxilia biólogos sem formação de visão computacional para medir quantitativamente imagens de células automaticamente.
|-
|[[Icy]]
|2011
|Criada pelo Quantitative Image Analysis Unit no Institut Pasteur, a [[Icy]] fornece software integrado para preencher a lacuna entre usuários e programadores por meio de software de código aberto e um site central.
|-
|[[Bio7]]
|Desconhecido
|Aplicação utilizada para modelagem ecológica; ambiente de desenvolvimento integrado; centra-se na modelagem baseada em indivíduos e em modelos espacialmente explícitos.
|-
|[[uManager]]
|2005
|Software de microscopia de código aberto; controla microscópios automatizados; solução de imagem abrangente quando usado com ImageJ; desenvolvido por Arthur Edelstein, Ziah Dean, Henry Pinkard e Nico Stuurman.
|}

== Aplicação na área médica==
 

*Biologia <ref> Sheffield, J., [https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/S1431927607076611 ImageJ, A Useful Tool for Biological Image Processing and Analysis] 2007 </ref>
*Bioquímica <ref> Grishagin, I., [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003269714005570 Automatic cell counting with ImageJ] Analytical Biochemistry 2015, vol: 473, pp: 63-65 </ref>
*Imunologia <ref> Shu, J., Dolman, G., Duan, J., Qiu, G., Ilyas, M., [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27121383 Statistical colour models: an automated digital image analysis method for quantification of histological biomarkers.] BioMedical Engineering OnLine 2016 vol: 15 (1) pp: 46 </ref><ref> Fulawka, L., Halon, A., [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27466501 Proliferation Index Evaluation in Breast Cancer Using ImageJ and ImmunoRatio Applications.] Anticancer research 2016, vol: 36 (8), pp: 3965-72 </ref>
*Medicina Dentária <ref> Huda, W., Rill, L., Benn, D., Pettigrew, J., [http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1079210497903279?via%3Dihub Comparison of a photostimulable phosphor system with film for dental radiology] Oral Surgery, Oral Medicine, Oral Pathology, Oral Radiology, and Endodontology, 1997, vol: 83 (6), pp: 725-731 </ref>
*Neurologia <ref> Alegro, M., Theofilas, P., Nguy, A., Castruita, P., Seeley, W., et. al., [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28267565 Automating cell detection and classification in human brain fluorescent microscopy images using dictionary learning and sparse coding.] Journal of Neuroscience Methods 2017 vol: 282 pp: 20-33 </ref>
*Oftalmologia <ref> Staal, J., Abramoff, M., Niemeijer, M., Viergever, M., van Ginneken, B., [http://ieeexplore.ieee.org/document/1282003/ Ridge-Based Vessel Segmentation in Color Images of the Retina] IEEE Transactions on Medical Imaging 2004, vol: 23 (4), pp: 501-509 </ref>


== Exemplo de utilização do '''ImageJ''' ==


{|class="wikitable"
|+ style="text-align: left;" |Tabela 2 - Exemplo de processamento de imagem para contagem de células <ref>[https://imagej.nih.gov/ij/docs/pdfs/examples.pdf Exemplos ImageJ]</ref>
|-
! Original
! Escala de Cinzentos
! Threshold 
|-
|[[Ficheiro:embryos.jpg|250px|thumb|left|Figura 3:Imagem de embriões, retirados dos exemplos do ''ImageJ'']]
|[[Ficheiro:embryos-8bit.png|250px|thumb|center|Figura 4:A imagem de embriões convertida para escala de cinzentos (8-bit)]]
|[[Ficheiro:embryosbinary.png|250px|thumb|right|Figura 5: Threshold da imagem de embriões convertida para binário]]
|}
{|class="wikitable"
! Identificação e contagem das células 
! Sumário da contagem de células
|-
|[[Ficheiro:outline.png|250px|thumb|left|Figura 6: Identificação dos bordos e contagem das células]]
|[[Ficheiro:sumario2.png|518px|thumb|right|Figura 7:Resultado da contagem de células]]
|}


== Este conteúdo em vídeo ==

O vídeo sobre o ''ImageJ'' está disponível no [https://uporto.cloud.panopto.eu/Panopto/Pages/Embed.aspx?id=ed8199cc-8795-44d6-b8c2-1bc149364902&v=1 Link Panopto] ou através do youtube.

 <youtube>https://youtu.be/nkZeMQVT2WY </youtube>

== Referências ==


<references/>

== Links Externos ==


* [https://imagej.nih.gov/ij/index.html Página do ''ImageJ'']


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